1993年獲山東大學數論與密碼學專業博士學位后留校任教。她帶領的研究小組于2004年、2005年先后破解了MD5和SHA-1兩大國際通用密碼算法，震驚了整個國際密碼學界。2005年之后，她又受聘為清華大學“楊振寧講座教授”和“長江學者特聘教授”，前不久被授予“陳嘉庚科學獎”和“求是杰出科學家獎”。

    現年40歲的王小云任山東大學信息安全研究所所長，博士生導師，主要研究方向是密碼算法的分析與設計，1999年至2001年曾先后兩次至香港大學計算機密碼中心作訪問學者。她負責承擔多項國家級項目，其中“九五”國家密碼發展基金項目1項，獲得國際密碼科技進步一等獎（省部級），眼下她正負責承擔“十五”國家密碼發展基金項目與國家自然科學基金項目。

    2005年，王小云獲國家自然科學基金杰出青年資助，同年入選清華大學“百名人才計劃”，2005年6月受聘為清華大學高等研究中心“楊振寧講座教授”，并被聘為清華大學“長江學者特聘教授”。她被邀請加入國際密碼學會——亞密會的程序委員會成員。近年來成功破譯了包含MD5與SHA-1的系列國際重要的Hash函數算法，被國際密碼學領域認為這些成果是近年來密碼領域最具突破性的研究進展，整個國際密碼學界為之震驚，密碼學領域最權威的兩大刊物Eurocrypto和Crytptto將2005年度最佳論文獎授予了這位中國女性，其研究成果引起了國際同行的廣泛關注，被國內外專家稱為“當今密碼學界的巾幗英雄”。